Paraclisul Seminarului este principalul laborator duhovnicesc al școlii. Aici se desfășoară în primul rând activitățile spirituale ale elevilor, dar și activități de practică liturgică, întâlniri duhovnicești, spovedania, și altele.
Paraclisul formează miezul spiritual al Seminarului. El face parte din școala arătând că de fapt în această instituție toate dimensiunile activității ei trebuie înduhovnicite.
Lucrările de împodobire ale paraclisului s-au terminat în anul 2018, sfințirea fiind făcut după Sfintele Paști de către IPS TEODOSIE, Arhiepiscopul Tomisului.
